El 9 de junio de 1798, l'Orient (buque insignia de la flota francesa donde viaja Bonaparte) ha llegado frente al puerto de La Valeta en Malta.
Los Caballeros de la Orden le niegan la entrada dando orden Bonaparte de empezar las hostilidades al día siguiente, cayendo Malta en poco tiempo (menos de lo esperado) ya que reciben ayuda de los habitantes que viven en el interior de la isla.
El general Junot, firma el cese de las hostilidades el 11 de junio,
negociando la rendición al día siguiente. En ella se concede una pensión y unas cuantas posesiones al Gran Maestre. Apenas instalado Bonaparte, organiza el gobierno de la isla y proclama la igualdad de todos los ciudadanos.
Desde Malta, pide al Directorio 8000 soldados de refuerzo para la isla aunque éste no toma sus consideraciones en serio y Francia lo pagará caro en un futuro cercano. El general Caffarelli que inspecciona las fortificaciones comenta a Bonaparte,
"convengamos en que hemos tenido suerte de encontrar gente en la ciudad para abrirnos sus puertas".
Por esos mismos días, el almirante Nelson recibe la noticia de la caída de Malta y divide sus navíos en tres divisiones para dar caza a la flota francesa.
Grabado de Bonaparte perteneciente al libro de Norvins de 1827 realizado por “Couché fils”.
